Símbolos y Emblemas - Rectoría
Está formado por un campo ovalado rodeado de hojas de laurel, en el cual se inscriben las iniciales IHS; sobre el travesaño de la H descansa una cruz. Coronan el campo la tiara y dos llaves cruzadas, emblemas pontificios. (Reglamento de emblemas, símbolos y distinciones. No.3). En el escudo de la universidad se destaca un monograma formado por las letras IHS que tiene un significado importante asociado con la historia de la compañía de Jesús. El monograma, popularizado por San Bernardino de Siena (1380-1444) fraile menor predicador por toda Italia y gran devoto del nombre de Jesús), puede explicarse a partir de la escritura del nombre de Jesús: Ihsouz forma griega del hebreo Joshua. Las seis letras del alfabeto griego son de izquierda a derecha: Iota ( I ). Eta ( h ). Sigma ( s ). Omicron ( o ). Ipsilon ( u ) y Sigma (z ).
Si la última letra se coloca a continuación de las dos primeras y el trazo vertical de la segunda se prolonga hacia arriba como eje de una cruz, encontramos en la caligrafía estilizada, las letras del alfabeto latino: I h s las cuales se aprecian claramente en el sello original escogido y usado por Ignacio de Loyola como superior (prepósito) general de la Compañía de Jesús. El sello de 4 cm de diámetro y grabado en bronce se conserva en el archivo romano de la Compañía. Este símbolo se puede reconocer también en el voto escrito por Ignacio el 5 de abril de 1541, para la elección del primer superior general de la naciente orden religiosa. También aparece en los votos de Pedro Fabro, Francisco Javier y Diego Laynez. Ahora bien, la escritura en mayúscula de la letra Eta es H y de la letra Sigma es la cual en caligrafía deformada coincide con la S. De manera que la abreviatura del nombre de Jesús en griego escrita en mayúsculas corresponde a IHS. Las tres letras han servido también de iniciales para la expresión Iesus Hominis Salvator que significa: Jesús Salvador del Hombre.
Es circular y lleva en el centro la imagen de San Francisco Javier, patrono de la Universidad, rodeada por la leyenda, "Pontificia Universidad Javeriana", completa el círculo de la leyenda en la parte inferior la palabra "Colombia".
En el sello de nuestra universidad aparece la imagen celestial de nuestro patrono, tomada del óleo de principios del siglo XVII, que adornó en épocas pasadas el aula máxima.
Francisco Javier lleva el birrete de doctor que recibió con su grado en la Universidad de París. (reglamento de emblemas, símbolos y distinciones. No. 4)
Consta de tres franjas horizontales, todas de igual anchura, la superior de color amarillo, la central de color blanco, la inferior de color azul. (reglamento de emblemas, símbolos y distinciones. No. 5)